
近日,我院生物设计育种研究中心张国平教授团队联合深圳华大生命科学研究院在《Molecular Plant》(IF=24.1)发表了题为“BarleyOmics: A comprehensive multi-omics database of barley”的研究论文。
研究背景:大麦(Hordeum vulgare L.)作为全球第四大禾谷类作物,其产量与品质提升关乎粮食安全与啤酒产业发展。近年来,随着高通量测序技术的飞速发展,大麦基因组学研究进入了“大数据”时代,海量的基因组、变异组、转录组、表型组等数据不断涌现。搭建生物学数据库能够帮助研究者快速、高效地从海量数据中挖掘出有价值的信息,并应用于功能基因研究和分子育种实践。现有的大麦数据库收录的数据有限,且缺乏对多组学的深度整合与交互分析能力,即缺少一个大麦综合性数据库。为了填补这一空白,我们开发了BarleyOmics (https://www.barleyomics.cn/home) (数据库主页如图1所示)。
图1 BarleyOmics首页
研究内容:BarleyOmics的核心价值在于其对多来源、多组学数据的深度整合与高效利用。平台汇集了来自公共数据库以及我们自有研究项目的大麦多组学数据,经统一标准化处理和严格质量控制后,构建了“基因组”“变异组”“转录组”“表型组”四大数据模块,并藉此深度集成了一系列实用在线工具,构建了“工具”模块,旨在为研究者提供强大的分析支持,为数据的深度挖掘赋能(图2)。
图2 BarleyOmics 数据资源和在线分析工具
浙江大学中原研究院生物设计育种研究中心研发人员赵俊恒、浙江大学作物科学研究所谢尚耿博士、中国科学院大学博士研究生张辰阳和浙江大学作物科学研究所硕士研究生胡增杰为论文共同第一作者。浙江大学作物科学研究所叶玲珍副研究员、深圳华大研究院/华大万物谈聪副研究员为该论文通讯作者。浙江大学作物科学研究所张国平教授、蔡圣冠副教授、沈秋芳副研究员对该工作进行了指导和帮助。
论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S167420522500231X
中心简介:
浙江大学中原研究院生物设计育种研究中心紧扣国家战略需求与全球农业科技前沿,针对小麦、玉米等河南省主粮作物,确立了以“优质、高抗(兼顾生物与非生物胁迫)”为核心的育种目标,重点聚焦基因组学、种质创新、基因编辑、双单倍体育种及智能育种等前沿领域,深入开展技术研发与集成应用。通过持续创新育种方法、提升育种效率,并在突破性种质创制与新品种选育领域聚力攻坚。目前,中心建立了完备的小麦高效遗传转化、麦类作物多代快速繁育、小麦双单倍体高效繁育以及智慧育种平台数据库等关键技术体系,相关平台与技术能力对外开放,诚邀业界同仁咨询交流、寻求合作。